luglio-agosto 2006 numero 55/56

attualità
Bioinformatica vs cancro al seno
Partito il progetto "ImmunoGrid", nato da una sinergia di matematici, informatici, biologi e medici

di  Manfredi Pomar

Due milioni di euro dell'Unione Europea per finanziare un rivoluzionario progetto di ricerca che ha lo scopo di combattere uno dei nemici più spietati delle donne: il cancro al seno.
Il progetto, a cui è stato dato il nome di "ImmunoGrid", mira alla sperimentazione di un modello bioinformatico che tra le sue funzioni ha anche quella di riprodurre i risultati di un nuovo vaccino antitumorale realizzato all'Università di Bologna dal prof. Pier Luigi Lollini - docente al Dipartimento di Patologia Sperimentale e responsabile in questo progetto della verifica sperimentale dei modelli computerizzati - e di poterlo più adeguatamente monitorare al fine di migliorarne le strategie di attacco, prima di passare alla fase due, quella della sperimentazione biologica.

Il progetto è coordinato dal Cineca (Consorzio Interuniversitario per il Calcolo Automatico), ma diverse, e tutte prestigiose, sono le Istituzioni, nazionali ed internazionali, che vi partecipano: il Cnr di Roma (Filippo Castiglione), il Cnrs francese (Marie-Paul Lefranc), l'Università Tecnica danese (Soren Brunak), il Birbeck College di Londra (David Moss), l'Università di "Queensland" in Australia (Vladimir Brusic) e, per la Sicilia, il Dipartimento di Matematica e Informatica dell'Università di Catania con il prof. Santo Motta e il dr. Francesco Pappalardo.

A spiegare meglio lo stretto rapporto che nel nome della ricerca scientifica può esistere tra ambiti disciplinari così diversi è lo stesso prof. Motta. "Da tempo il nostro Dipartimento guarda con interesse all'incontro della matematica e dell'informatica con la biologia allo scopo di trovare insieme soluzioni che possano contribuire al progresso della ricerca medica - ha detto Motta - Nel caso di "ImmunoGrid" l'obiettivo è costruire prototipi di modelli capaci di predire l'azione del vaccino sul sistema biologico".

Ma perché per sperimentare la bontà di un vaccino è così utile ricorrere a modelli computerizzati?
"Da quando un vaccino viene concepito a quando effettivamente è possibile somministrarlo alla popolazione passano oggi in media trent'anni anni - ha spiegato da Bologna il prof. Lollini - Un vaccino è destinato ad una persona sana e perciò ad esso non si richiede solo di essere efficace, ma anche di essere immune da controindicazioni. Conoscere da vicino come funziona è pertanto fondamentale per studiare e sperimentare dei protocolli sull’uomo. Sperimentazioni, dosaggi, analisi più approfondite che costano anni e anni di studio: per cercare di diminuire questi tempi si ricorre a modelli".
I modelli, dunque, hanno il vantaggio di riuscire a indagare in pochi secondi al computer risposte immunitarie contro tumori, infezioni virali e batteriche, che nei sistemi biologici reali richiedono settimane o mesi, con riscontri davvero sorprendenti. "I modelli che i colleghi esperti di calcolo dell’Università di Catania hanno realizzato per questo progetto - ha spiegato ancora Lollini - danno le stesse risposte dei nostri esperimenti biologici. Ciò è potuto accadere perché "ImmunoGrid", che ricostruisce la complessità del sistema immunitario, ha in sé una interessante novità: un algoritmo genetico, come dicono i matematici, in grado di orchestrare i propri calcoli utilizzando una logica darwiniana, basata sull’evoluzione biologica. In altre parole, un modello prevede l’azione su centinaia di cellule: l’utilizzo di questo sistema, che si avvale di una computer "grid", cioè un processo di calcolo diffuso attraverso una rete di computer, permette di simularne milioni come quelle che compongono l’organismo".

"ImmunoGrid" ha poi un altro obiettivo, tutt’altro che secondario: quello di creare una "tassonomia", cioè un "linguaggio comune", che permette ai ricercatori di diversi Paesi di comunicare le proprie ricerche.


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